پس از جنگ ایران و عراق همراه با خانواده به اصفهان نقل مکان کرده و موقتاً در شهر نجف آباد ساکن شدند. او پس از یک دوره کوتاه بازیگری در تئاتر، کار فیلمسازی را از سال ۱۳۶۴ با حضور در انجمن سینمای جوانان نجف آباد آغاز کرد؛ سپس در سال ۱۳۶۷ وارد دانشکده سینما تئاتر دانشگاه هنر تهران شد و تحصیلات خود را در رشته کارشناسی کارگردانی سینما تکمیل کرد. وی از ۱۳۷۳ به ساخت فیلم‌های کوتاه داستانی روی آورد و از سال ۱۳۸۳ به عنوان مدیر فیلمبرداری در سینمای ایران مشغول به کار است. مهدی جعفری در کنار فیلمبرداری سینما ساخت چندین مستند کوتاه و بلند را نیز در کارنامه خود دارد. او همچنین عضو هیئت مؤسس انجمن فیلم کوتاه ایران در خانه سینما است. حضور یکی از فیلم‌های کوتاه او به نام کمی بالاتر در میان ده فیلم بخش مسابقه فیلم‌های کوتاه جشنواره بین‌المللی فیلم برلین در سال ۲۰۰۶ به عنوان یکی از افتخارات فیلم کوتاه ایران به‌شمار می‌رود. وی در سی و نهمین جشنواره فیلم فجر سیمرغ بلورین بهترین کارگردانی را برای فیلم سینمایی یدو دریافت کرد.